Brescia

V snahe vrátiť sa do reprezentácie pre MS 2002 sa Roberto rozhodol prestúpiť do Brescie. Hlavným cieľom klubu bol záchrana a aj vďaka 10 gólom a 10 asistenciám Baggia z toho bolo krásne 7.miesto a účasť v Intertoto Cupe. Baggiove výkony si všimli aj odborníci a v ankete o Zlatú loptu skončil na 25.mieste. V ďalšej sezóne skóroval 8 gólov v prvých 9 zápasoch, ale potom nasledovalo ďalšie zranenie ľavého kolena. Roberto sa vrátil na trávnik už 76 dní po zranení. Hneď v prvom zápase proti Fiorentine skóroval dvakrát a prvý gól vsietil nožničkami ľavou nohou. V posledných 2 sezónach vsietil ďalších 24 gólov a stal sa žijúcou legendou Brescie. Na jeho počesť bolo číslo 10 po jeho ukončení kariéry vyradené zo zostavy. Rozlúčkovým zápasom Baggia bol duel na San Sire 16.5.2004.