Juventus Turín
Baggio bol v lete roku 1990 tesne pred MS vo futbale predaný aj napriek veľkým protestom fanúšikov Fiorentiny do Juventusu Turín za 10 mil. €. V tej dobe to bola rekordná čiastka za prestup hráča vo svetovom futbale. V klube zdedil číslo 10. Prestup vyvolal vo Florencii také nepokoje, že bolo v uliciach zranených približne 50 ľudí. Baggio komentoval prestup slovami: „Bol som donútený akceptovať prestup“. V prvom zápase za Juventus proti Fiorentine na jeseň 1990 odmietol kopať pokutový kop a keď bol vystriedaný, vytiahol šál Fiorentiny a pred fanúšikmi tohto klubu ho pobozkal. Na záver dodal: „Hlboko v srdci zostanem navždy fialový“.
V prvej sezóne za Juventus skóroval 14krát a pridal 12 asistencií, ale napriek tomu bolo konečné 7.miesto v lige veľkým sklamaním. Čiastočnou náplasťou na nevydarenú sezónu klubu bola jeho účasť v semifinále PVP (Pohára víťazov pohárov). Baggio bol najlepším strelcom tejto súťaže. Juventus stroskotal v semifinále na Cruyffovej Barcelone. Po neuspokojivej sezóne sa stal novým kormidelníkom Juventusu po Luigi Maifredim skúsený Giovanni Trapattoni.
Vo svojej druhej sezóne za Juventus vsietil Roberto 18 gólov a pridal 8 asistencií a bol 2.najlepším strelcom ligy za Van Bastenom. V lige skončil Juve na 2.mieste za AC Miláno a dostal sa až do finále Talianskeho pohára, kde nestačil aj napriek Baggiovmu gólu Parme.
V sezóne 1992-1993 sa stal Roberto kapitánom Juve a vyhral s ním svoju jedinú európsku trofej Pohár UEFA. Vo finálovom dvojzápase s Borussiou Dortmund skóroval dvakrát a raz asistoval.
Konečné 4.miesto v lige však bolo sklamaním, lebo ambiciózny tím opäť nestačil na najlepších.
Baggio však za parádne góly a skvelé výkony dosiahol na konci roka 1993 na najväčšiu individuálnu trofej. Získal Zlatú loptu France Football pre najlepšieho európskeho hráča roka a FIFA ho vyhlásila za najlepšieho svetového hráča roka.
Video z jeho super gólu proti AC Miláno v sezóne 1992-1993.
V sezóne 1993-1994 dosiahol Juventus na 2.miesto v lige, keď nestačil iba na hviezdne AC Miláno. Baggio bol opäť oporou, keď skóroval 17krát. Po sezóne došlo k výmene trénerov. Trapattoniho vystriedal Marcello Lippi. Vo svojej poslednej sezóne v Juventuse v roku 1994-1995 vynechal Baggio takmer 5 mesiacov kvôli zranenému kolenu, ale aj tak prispel dôležitými gólmi k vytúženému klubovému i osobnému Talianskemu titulu a získal aj výhru v Talianskom pohári. Juventus taktiež dokráčal do finále Pohára UEFA, kde však nestačil na Parmu.
