Bologna

V nasledujúcej sezóne Baggio stratil pevnú pozíciu v tíme pod Cappellom a v roku 1997 prestúpil do Bologne. Tam jeho kariéra ožila a v Serii A dosiahol s 22 gólmi svoj osobný rekord, čo mu zabezpečilo účasť na MS 1998 vo Francúzsku.